数日後、ということだったので、もう出発されてしまっているでしょうか？
とりあえず回答いたします。

＞JALさんとエールフランスさんは提携していて、マイルのポイント移行も出来ると知りましたが・・・
JALはエールフランスと提携していますが、マイルの移行はできません。エールフランスに乗ったときのマイルを、JALカードに貯められるだけです（もしくはその逆）。これはJAL＆エールフランスが特例なのではなく、ほとんどのマイレージプログラムで、ある航空会社のマイル口座（＝マイレージカード）に貯まったマイルを、もう一方の航空会社のマイルに移行することはできませんので注意してくださいね。

＞JALカードを普通に作れば今回のマイルはJALカードにたまりますか？それともフライングカードあってのポイントですか？
チェックイン時にJALカードとエールフランスのチケットを提示して下さい。これでJALの口座にマイルが貯まります。エールフランスにマイルを貯めるつもりがないなら、フライングブルーのカードは不要です。

最後に蛇足なんですが、JALは他航空会社のマイル積算率があまりよくないので、エールフランスのチケットの種類（＝予約クラス）によっては、マイル加算の対象外になっている場合もあります。この確認はフライト利用後でも問題ないので、エールフランスかJALに確認してみると良いかと思います。